وشاعت شهرة بير بوصفه خبير عسكريا حتى في خارج إسرائيل، وكان يلقي المحاضرات فيما يتصل بالحرب من موضوعات في العديد من البلدان الأوروبية ولا سيما في ألمانيا، التي ترك فيها انطباعة عميقا لدى بعض الشخصيات البارزة كالسياسي فرانتس جوزيف شتراوس ورئيس جهاز الاستخبارات راينهاردت غيلن. واستحوذ بير على إعجاب قيادة حلف الأطلسي - الناتو - في أوروبا للتحليلات البارعة التي قدمها عن الاستراتيجية اللازمة في حال نشوب حرب برية في أوروبا. وقد أثنى عليه موظفو وزارة الدفاع الفرنسية علانية، لتفهمه الواسع المدى لمختلف الشؤون العسكرية.

وفي ذات مساء من خريف عام 1990، طلبه رئيس المخابرات الإسرائيلية أيسر هرئيل للتحقيق معه حول سفره وزياراته إلى ألمانيا الشرقية وبولندا. عندها غضب بير وخرج من مكتب أيسر قائلا له: اهتم بشؤونك الخاصة، فسوف أشكوك إلى رئيس الوزراء، بل سأشكوك للحزب أيضا. هذا وقد كان أيسر يشك بعلاقة بير بالمخابرات الشيوعية. وبعد مراقبة دقيقة له من أيسر، رغم ثقة بن غوريون به، تبين أنه يعمل لمصلحة المخابرات السوفياتية رك. ج. ب.) واعتقل بالجرم المشهود مع حقيبته الجلدية التي كان قد سلمها إلى أحد الدبلوماسيين السوفيات الذي عرف عنه أنه أكبر جواسيس روسيا في إسرائيل، وأعادها إليه بعد منتصف الليل حيث كانت تحوي عددا من الوثائق السرية البالغة الخطورة والسرية ومنها قائمة مفصلة لمصانع الأسلحة الكبرى في إسرائيل، وفوق ذلك كله، شاهدوا مفكرة بن غوريون الخاصة، التي استعارها البروفسور حين عبر له عن رغبته في كتابة سلسلة من المقالات عن فلسفة بن غوريون في القيادة والحكم، ولم تكن هذه المفكرة تحتوي على أكثر أفكار بن غوريون خصوصية فحسب، بل كانت تحتوي أيضا على عدد من أسرار الدولة التي كان وزراء الحكومة يجهلون بعضا منها.

اعتقل في 31 آذار 1991.

وبدأت محاكمة إسرائيل بير في حزيران 1961، وحكم عليه بالسجن لمدة عشر سنوات واستأنف الحكم، ولكن عقوبته زيدت إلى 15 سنة. وبقي في السجن حتى أيار 1968 عندما أصابته نوبة قلبية توفي على أثرها.